Der Nachweis des Helicobacter pylori erfolgt entweder aus einer bei einer  Gastroskopie entnommenen Magenbiopsie  (mikroskopisch oder über den Urease-Schnelltest) oder durch den C13-Atemtest.

Beim Urease-Schnelltest wird Biopsiematerial einer Magenspiegelung (Gastroskopie) mit einer harnstoffhältigen Indikatorflüssigkeit zusammengebracht. Eine Farbänderung, die bei Vorhandensein des Keimes durch die Urease verursacht wird, ist ein starker Hinweis auf eine Helicobacter-pylori-Infektion, welcher aber zumeist durch den mikroskopischen Nachweis ergänzt wird. Der Vorteil des Schnelltests liegt darin, dass oft schon innerhalb einer Stunde nach der Gastroskopie die Diagnose gestellt und eine entsprechende Therapie eingeleitet werden kann.

Beim C13-Atemtest trinkt der Patient eine gewisse Menge von mit C13 markiertem Harnstoff (= völlig ungiftig) in einer Testlösung. Im Falle einer Infektion und des damit verbundenen Vorhandenseins des Enzyms Urease, spaltet dieses den aufgenommenen Harnstoff und setzt so C13 frei, das man nun in der Ausatemluft messen kann. Ist kein Keim vorhanden, ist die Ausatemluft frei von C13. Der C13-Atemtest sagt lediglich etwas über die Infektion an sich aus, nicht aber über den Zustand von Magen und Zwölffingerdarm. Aus diesem Grund wird dieser Test zur Erstdiagnose bei Magenbeschwerden nur bei Patienten unter 40 Jahren empfohlen, da sich hinter den Beschwerden auch ein Tumor verstecken kann. Das Haupteinsatzgebiet des Atemtests ist die erst vier Wochen nach Beendigung der Helicobacter-Therapie durchzuführende Kontrolle (Eradikationskontrolle).

Der kulturelle Keimnachweis, welcher auch aus der Magenbiopsie nach einer Gastroskopie geführt wird, ist sehr aufwendig und hat Bedeutung erst nach wiederholt erfolgloser Helicobacter-Therapie, um die Empfindlichkeit des Keims gegenüber unterschiedlichen Medikamenten zu bestimmen.

Der serologische H.-p.-Antikörpernachweis (Bestimmung von Antikörpern aus dem Blut gegen den Keim) zeigt lediglich an, dass sich der Organismus mit dem Keim schon einmal auseinander gesetzt hat, lässt jedoch keine Aussage zu, ob derzeit eine aktive Infektion vorliegt. Auch der Antikörpertest hat seine Hauptbedeutung in der Verlaufskontrolle nach erfolgter Therapie, setzt aber voraus, dass bereits vor der Behandlung eine Vergleichsprobe aus dem Blut abgenommen wurde.

Die Mehrzahl aller Helicobacter-Infektionen bleibt vermutlich ohne jegliche Folgen für den betroffenen Patienten. Aus diesem Grund wird die Notwendigkeit der Behandlung eines positiven Helicobacter-Befundes ohne Bestehen eines Geschwürs in Zwölffingerdarm oder Magen auch sehr kontroversiell diskutiert.

95 % aller Zwölffingerdarmgeschwüre und 70 % aller Magengeschwüre sind allerdings mit einer Helicobacter-Infektion assoziiert und sollen in diesem Fall auch durch Eradikationstherapie (antibiotische Behandlung mit dem Ziel, das Bakterium zu eliminieren) behandelt werden.

Wesentlich seltener kann es zum Auftreten eines Lymphoms des Magens kommen, welches aber in 95 % aller Fälle mit einem Helicobacter-Befall einhergeht und oft durch eine Eradikationstherapie geheilt werden kann.

Ob die Entstehung des Magenkrebses mit der Helicobacter-Infektion in Zusammenhang steht, ist nach wie vor unklar. Aus diesem Grund wird die Helicobacter-Infektion heute zumeist auch dann behandelt, wenn kein Geschwür vorliegt, obwohl nicht mit Sicherheit nachgewiesen werden konnte, dass eine Behandlung des Keimes bei gastritischen Beschwerden ohne Ulcus zu einer Besserung der Beschwerdesymptomatik führt.

Zur Behandlung der Helicobacter-Infektion steht eine Reihe von Medikamenten zur Verfügung, welche immer in Kombination angewandt werden und mit einer Erfolgswahrscheinlichkeit von mehr als 90 % zu einer Heilung führen.

Die Behandlung wird zumeist über 7 Tage (gelegentlich auch 14 Tage) durchgeführt und besteht aus der Kombination eines die Magensäuresekretion hemmenden Medikaments (zumeist Protonenpumpenhemmer) und zweier Antibiotika.